Метагеном полости рта у условно здоровых и больных острым герпетическим стоматитом детей

Аннотация

Острый герпетический стоматит (ОГС) — это наиболее часто встречаемое вирусное заболевание, составляющее около 90% всех заболеваний слизистой оболочки рта. Заболеваемость герпетической инфекцией связана не только с широким распространением вируса, но и с индивидуальными особенностями ребенка. Количественный и качественный состав микробных сообществ полости рта вносит значительный вклад в общее здоровье ребенка и в его восприимчивость к герпетической инфекции. Цель исследования — сравнительная оценка состава бактериальных сообществ полости рта детей в возрасте от 1,5 до 5 лет, условно здоровых и с ОГС, проживающих на территории Казани.
Материалы и методы. Проведен метагеномный анализ образцов зубного налета 15 условно здоровых детей и 15 детей с ОГС. Предварительную обработку и последующий анализ последовательностей осуществляли с использованием конвейера Mothur на платформе Galaxy. Оценку функциональных профилей сообществ образцов зубного налета проводили с использованием инструмента Global Mapper на платформе iVikodak.
Результаты. Классификация операционных таксономических единиц (ОТЕ) привела к получению в общей сложности 294 ОТЕ при сходстве 97%. Анализ структуры микробных сообществ зубного налета показал увеличение видового разнообразия у больных детей, ОТЕ в ней в 1,5 раза превышало количество ОТЕ в группе здоровых. В образцах зубного налета доминировали филумы Bacillota, Pseudomonadota и Bacteroidota. В зубном налете детей с ОГС в 1,6 раза выросло количество ОТЕ, принадлежащих к филуму Pseudomonadota, в 1,5 раза — к филуму Actinobacteriota, а количество бактерий, принадлежащих к филумам Bacillota, Bacteroidota и Fusobacteriota, снизилось в 1,5, 1,2 и 2,4 раза соответственно по сравнению с их количеством у здоровых детей. Количество генов, отвечающих за определенные функции, у бактериального сообщества зубного налета детей с ОГС в среднем превышало 1,15±0,39 раза количества генов у здоровых детей.
Заключение. Метагеномный анализ позволил получить возможность расширенного таксономического анализа на основе секвенирования гена 16S рРНК у больных острым герпетическим стоматитом и у условно здоровых детей. Определены характерные филотипы, идентифицированы отдельные представители микробиомов, проведен анализ функционала бактериальных генов. Было зарегистрировано (не более чем вдвое) снижение количества бактерий родов Capnocytophaga и Fusobacterium у больных ОГС и увеличение представителей родов Prevotella, Bergeyella и Leptotrichia. Количество бактериальных генов, опосредующих факторы патогенности, у больных детей имело тенденцию к увеличению по сравнению со здоровыми, однако вследствие высокой вариабельности индивидуальных образцов достоверное превышение установлено только для детерминант коклюша.